A história acompanha Senku Ishigami, um jovem apaixonado por ciência que acorda milhares de anos depois que toda a humanidade foi misteriosamente petrificada. Ao perceber que a civilização desapareceu, Senku decide reconstruir a sociedade usando seus conhecimentos científicos. Durante sua jornada, ele conhece Taiju, Yuzuriha e outros sobreviventes, formando alianças para recuperar a humanidade e descobrir o que causou a petrificação.
Ao longo da história, Senku e seus amigos enfrentam diversos desafios, como a falta de recursos, animais perigosos e grupos que possuem ideias diferentes sobre como o novo mundo deve ser reconstruído. Entre os principais adversários está Tsukasa, que acredita que apenas os jovens e fortes deveriam ser despertados. Enquanto enfrentam conflitos, Senku utiliza a ciência para criar ferramentas, medicamentos, eletricidade e outras tecnologias que ajudam a reconstruir a civilização. Com o tempo, eles também descobrem novos mistérios sobre a petrificação e procuram entender quem foi responsável por ela.
O conhecimento, a inteligência e o trabalho em equipe podem ajudar a superar grandes dificuldades. Também mostra a importância da ciência para melhorar a vida das pessoas e resolver problemas. Além disso, destaca que diferentes habilidades são importantes e que ninguém precisa enfrentar os desafios sozinho. Por fim, Dr. Stone transmite uma mensagem de esperança, mostrando que, mesmo depois de uma grande catástrofe, é possível recomeçar, aprender com o passado e construir um futuro melhor por meio da determinação, da amizade e da cooperação.