A história acompanha Atsushi Nakajima, um jovem que foi expulso do orfanato onde vivia e acabou ficando sozinho e sem saber o que fazer com a própria vida. Em meio às dificuldades, ele conhece Osamu Dazai, um integrante da Agência de Detetives Armados, um grupo formado por pessoas que possuem habilidades sobrenaturais. Atsushi descobre que também possui uma habilidade especial, capaz de transformá-lo em um poderoso tigre branco, e passa a fazer parte da Agência.
Ao longo da história, Atsushi e seus companheiros enfrentam diversos inimigos e organizações, como a Máfia do Porto, a Guilda e outros grupos que possuem objetivos, poderes e interesses diferentes. Essas batalhas fazem com que Atsushi amadureça e compreenda melhor suas habilidades. Durante suas aventuras, ele conhece personagens como Dazai, Kunikida, Ranpo e Akutagawa, além de enfrentar diversos vilões e adversários que colocam seus amigos e a Agência em perigo. Cada conflito contribui para o desenvolvimento de Atsushi, fazendo com que ele descubra seu verdadeiro valor, ganhe confiança e encontre seu lugar no mundo.
A obra ensina que o passado e as dificuldades de uma pessoa não determinam quem ela será no futuro. Atsushi começa a história acreditando que não possui valor, mas aprende, com a ajuda de seus amigos, que suas habilidades e suas escolhas podem fazer a diferença. Também mostra a importância da amizade, da confiança e de encontrar pessoas que nos apoiem nos momentos difíceis. Outro ensinamento importante é que cada pessoa possui seus próprios conflitos e motivos para agir, por isso é necessário tentar compreender os outros antes de julgá-los. Além disso, Bungo Stray Dogs destaca a importância de encontrar um propósito para seguir em frente e mostra que, mesmo diante de situações difíceis, é possível crescer, superar inseguranças e descobrir o próprio caminho.